Pelabuhan perairan pedalaman adalah pelabuhan yang berada diperairan pedalaman sungai besar yang bisa dilayari, kanal/anjir ataupun di danau. Pelabuhan pedalaman bisa berfungsi sebagaimana pelabuhan laut dengan berbagai kegiatan bongkar muat termasuk kapal peti kemas, tangker, kapal roro dan sebagainya seperti pelabuhan Boom Baru di Palembang
.